Dans les hôpitaux, la bactérie Clostridium difficile génère souvent des complications aux patients admis pour d’autres problèmes de santé. Elle peut même entrainer la mort de personnes plus fragiles car elle résiste de plus en plus aux antibiotiques. L’infection à Clostridium difficile provoque une perturbation de la flore intestinale pouvant être sévère et occasionnant diarrhées, fièvres et crampes abdominales. Si la plupart des infections peuvent être traitées par antibiotiques, certaines s’avèrent résistantes. Dans ce cas, la transplantation de microbiote fécal est de plus en plus considérée comme une thérapie efficace. Le microbiote intestinal est un ensemble de micro-organismes. A la naissance, l’intestin est stérile puis se colonise dès les premiers jours de vie jusqu’à évoluer vers un microbiote individuel unique. Chaque personne possède des bactéries relativement semblables d’une personne à l’autre, mais la composition exacte de son microbiote est pour une large part spécifique de chaque personne. Ainsi, la transplantation de microbiote fécal consiste à introduire des selles d’un donneur sain dans le tube digestif d’un patient receveur afin de rééquilibrer la flore intestinale altérée de celui-ci. L’inconvénient est que la procédure par coloscopie est invasive et la conservation des selles de donneurs pour la transplantation est difficile, la durée maximale étant estimée à 6 heures. 
Une nouvelle option pourrait s’offrir aux patients atteints par la bactérie Clostridium difficile. Avaler une pilule de matière fécale congelée pour soigner les diarrhées. C’est l’idée peu ragoutante testée par des chercheurs du Massachusetts General Hospital (Boston) pour remplacer la transplantation de microbiote fécal invasive pour les patients. La gélule mise au point par les chercheurs américains permettrait d’éliminer les inconvénients qui rendent le transplantation. Leur essai clinique dont les résultats sont publiés dans la dernière édition du Journal of the American Medical Association (JAMA), a en effet présenté un taux d’efficacité contre C. difficile de 90 %. L’étude n’a concerné que 20 patients et reste donc assez confidentielle. Tous les participants ont présenté au moins trois épisodes d’infection à C. difficile, et se trouvaient en situation d’échec thérapeutique. Grâce à la gélule congelée, 14 d’entre eux ont vu leurs diarrhées disparaitre dès la première administration. Les 6 autres patients ont été traités une seconde fois 7 jours plus tard. 4 d’entre eux ont finalement guéri. En tout, seuls deux patients n’ont donc pas répondu au traitement. La difficulté à appliquer le traitement sera de faire comprendre au patient que pour soigner ses diarrhées, ingérer une pilule de matière fécale reste la thérapie la plus simple. Pas évident.